在于中的变异中显着峰的数量。拷贝数中性或二倍体区域。这些簇可用于估计每个肿瘤中存在的克隆和亚克隆的数量和相对组成。仅显示拷贝数中性数据图显着突变基因分析显着突变基因的确定如下迪斯等人，表中列出了每个案例进行验证的。对于小插入和，目标区域恰好位于变体中心的处。对于小删除，选择删除的序列加上删除两端侧翼的序列。对于假定的体细胞，我们要求探针平铺在预测的断点上
并在这些位置的两侧各有的侧翼序列
对于较大的插入，需要单个区域，但对于易位、删除和倒位，我们请求两个目标，一个用于事件每一侧的断点。设计参数允许探针在基因组其他位置具有最多五个额外的序列匹配。突变预测的固相捕获验证文库是根据制造商的方案从全基因组扩增样本μ构建的，并进行以下修改：使用超声波仪沃本，马萨诸塞挪威电话号码表州）。片段大小范围在至之间。接头连接的在单次μ中扩增五个循环。使用固相可逆固定化珠净化来纯化并选择片段。根据制造商的方案（，麦迪逊，威斯康星州），将一微克大小分级的文库与阵列上合成的探针组杂交。°杂交小时后，将阵列从杂交站中取出，清洗，使用试剂盒（，，）
完成文库定量。结果用于确定在的单个泳道上产生
个簇所需的文库数量。为每个捕获的 销售线索 样品生成一条双端数据的泳道。用于固相捕获验证的双端文库制备将基因组送往进行全基因组扩增。全基因组扩增样本μ悬浮于末端修复缓冲液中，并在×、带有管的中片段化使用超声仪（）。裂解条件为μ反应体积并在°下进行。使用两次连续的秒声学处理将参数设置为扫频模式：占空比，强度，周期突发。通过立即添加μ对片段进行末端修复将末端修复酶混合物加入中，并在室温下孵育分钟。通过向末端修复反应中添加μ（样品体积）珠子（，，），使用固相可逆固定化纯化末端修复反应。
